Die Geschichte von Gundam Seed Destiny mag ähnlich erscheinen wie die des Vorgängers, doch sind die verfeindeten Frontetn nicht mehr so klar bestimmbar wie zuvor. Ansonsten läuft es in etwa ähnlich ab wie im Vorgänger, nur das neue Charakteren dazu gekommen sind.
Während die Charaktere Kira Yamato weiter den weg aus Gundam Seed geht, scheint es als hätte Athrun Zala einen Schritt zurück gemacht. Er hat sich wieder ZAFT angeschlossen und weiss nicht mehr auf wessen Seite erstehen sollte. Der neue Hauptcharakter Shin Asuka hingegen weiss genau, dass er auf der Seite von ZAFT steht. Er kommt Teil weisse ein wenig psychisch labiel herüber und läst sich nicht von seinen Überzeugungen abbringen.
Die überzeugende Atmosphäre des Vorgängers wurde beibehalten und noch eine Spur Dramatik mehr hinzugefügt. Dadurch kommt teilweise eine neue Stimmung auf, die es so im Vorgänger noch nicht gab.
Die musikalische Begleitung ist wieder einmal hervorragend und wurde komplett neu bearbeitet. So gibt es viele neue Stücke, welche die verschiedenen Szenen musikalisch aufwerten.
Wie beim Vorgänger ist es auch bei Gundam Seed Destiny lohnenswert einen Blick hinein zu werfen. Für diejenigen die bereits den Vorgänger gesehen haben, ist es sowieso ein muss. Allerdings muss man eigentlich Gundam Seed gesehen haben, um die Ereignisse von Destiny wirklich zu verstehen.